Rodzinny nowotwór związany z polimorfizmem w ARLTS1 cd

Wszystkie sekwencjonowane konstrukty transfekowano za pomocą FuGENE6, zgodnie z instrukcjami producenta (Boehringer Mannheim). Stabilnie transfekowane komórki selekcjonowano przy użyciu G418 i badano pod kątem transformowanego fenotypu przez ustalenie rakotwórczości in vivo u nagich myszy Nu / Nu i wyselekcjonowano do apoptozy z użyciem zestawu apoptozy monoklonalnego przeciwciała czynnej kaspazy-3 phycoerytrine (Pharmingen, BD Biosciences ). Profile cyklu komórkowego identyfikowano za pomocą cytometrii przepływowej komórek barwionych jodkiem propidyny, a profile ekspresji genów określano przy użyciu bioarray ekspresji Kimmel Cancer Center / Thomas Jefferson University 18.5K (Compugen Human Oligo Set 1.0) , jak opisano wcześniej.17 Analiza statystyczna
Analizę statystyczną wyników jakościowych przeprowadzono za pomocą dokładnego testu Fishera. Model logistyczno-regresyjny został wykorzystany do określenia ilorazu szans na raka w powiązaniu z konkretnymi mutacjami. Masy nowotworów u myszy z niedoborem odporności zbadano w modelu analizy wariancji, który obejmował grupę leczoną i czas, w którym zwierzę zostało zabite; Obliczono dwustronne wartości P dla określonych porównań między grupami. Wartości P mniejsze niż 0,05 uważano za wskazujące na istotność statystyczną.
Wyniki
Usunięcie ARLTS1 w różnych typach raka
Przy użyciu Exofish18 na 1,4 Mb złożonej sekwencji genomowej na chromosomie 13q141,11,19,20 i szybkiej amplifikacji końców cDNA, sklonowaliśmy cDNA ze szpiku kostnego i śledziony, który koduje konceptualne białko o 196 aminokwasach z przewidywaną masą cząsteczkową 21 kD. Analiza baz danych białek za pomocą podstawowego narzędzia do wyszukiwania współrzędnych (BLAST) wykazała znaczną homologię z czynnikiem białkowym ADP-rybozylacji (ARF) i białkiem podobnym do ARF (ARL) nadrodziny Ras 21, 22; dlatego nazwaliśmy gen ARLTS1 (dla czynnika supresorowego genu supresorowego ADP-rybozylu, numer dostępu do GenBank, AF441378, Europejskie Laboratorium Biologii Molekularnej – Europejski Instytut Bioinformatyki Minimalna informacja o numerze dostępowym do eksperymentu z mikromacierzami, E-MEXP-274). Struktura genomowa ARLTS1 jest bardzo podobna do struktury ARF ARF (ARF6): ma dwa egzony, a druga zawiera całą otwartą ramkę odczytu. Znaleźliśmy wysoce konserwatywne homologi białkowe u myszy i szczurów oraz podobne białka u danio pręgowanego, Drosophila melanogaster i Arabidopsis thaliana (dane nie pokazane), co wskazuje, że ARLTS1 ewolucyjnie konserwowano w czasie.
Wcześniej donieśliśmy, że region genomowy w 13q14.3 jest hemizygotycznie usunięty w około 20 procentach analizowanych przez nas próbek CLL.14 Potwierdziliśmy, że ARLTS1 znajduje się w regionie docelowym przez delecje przy użyciu analizy utraty heterozygotyczności na próbkach DNA z 20 raków jelita grubego; 10 procent próbek (2 z 20) miało hemizygotyczną delecję (dane nie pokazane). Dlatego postawiliśmy hipotezę, że jednoniciowa utrata ARLTS1 występuje we frakcji zarówno hematopoetycznych, jak i litych guzów. Aby przetestować ten pomysł, staraliśmy się zidentyfikować zdarzenia wtórne, takie jak mutacja lub zmiana epigenetyczna, które mogłyby dezaktywować pozostały allel.
Skojarzenie polimorfizmu obciętego zarodka w ARLTS1 z rakiem rodzinnym
Rysunek 1
[patrz też: diastaza, tikagrelor, schizofrenia u dzieci ]
[podobne: przewlekłe zapalenie woreczka żółciowego, odpornosc humoralna, mechanizm słyszenia ]